Ngày 1 tháng 5 năm 1945, sau khi nhận tin Hitler đã chết từ phụ tá của Hitler là SS- Sturmbannführer Otto Günsche, Wilhelm Mohnke cùng các thư ký của Hitler là Traudl Junge, Gerda Christian, Else Krüger, chuyên gia dinh dưỡng của Hitler Constanze Manziarly, bác sĩ Ernst-Günther Schenck, phụ tá và bạn của Hitler Walther Hewel và Otto Günsche rời khỏi Führerbunker - boongke của Hitler và cố gắng đào thoát khỏi khu vực bị quân đội Liên Xô bao vây để đến chỗ quân Đồng Minh ở phía Tây sông Elbe hoặc quân Đức ở phía Bắc. Ngày 2 tháng 5, Mohnke đầu hàng và bị quân đội Liên Xô bắt tại Pankow, ông cùng các sĩ quan Đức bị bắt được Thượng tướng Vasily Chuikov - Tư lệnh Tập đoàn quân Cận vệ số 8, tiếp đãi trước khi bàn giao lại cho Bộ Dân ủy nội vụ (NKVD). Ngày 9 tháng 5 năm 1945, Mohnke bị đưa đến Moskva và biệt giam trong 6 năm ở trụ sở KGB - nhà tù Lubyanka trước khi chuyển đến Trại tù binh 5110/48 Voikovo (Kriegsgefangenenlager 5110/48 Woikowo).

Mohnke trở thành tù binh chiến tranh của Liên Xô đến ngày 10 tháng 10 năm 1955. Sau khi mãn hạn tù, ông chuyển đến Hamburg và làm việc ở đó với tư cách là một nhân viên bán xe hơi. Từ năm 1979, Mohnke đã tiếp xúc với phóng viên Gerd Heidemann của Tạp chí Stern. Ông đã cố vấn cho anh ta về những vấn đề liên quan đến Chủ nghĩa Quốc xã và đưa anh ta tiếp xúc với những người từng hoạt động thời kì Đức Quốc xã. Chính nhờ điều này mà Heidemann đã tiếp xúc với người giả mạo cuốn nhật ký của Hitler là Konrad Kujau. Heidemann sau đó đã cho Mohnke xem những cuốn nhật ký được cho là của Hitler và đọc những đoạn trong đó cho ông ta nghe. Mohnke đã chỉ ra những sai sót thực tế, nhưng đã bị bỏ qua.